Ibadah Anak GDS adalah seluruh anak-anak GDS yang berusia mulai dari bayi sampai 12 tahun atau kelas 6 SD yang memiliki ibadah tersendiri dengan jemaat, dalam Ibadah anak GDS Ps. Debora Henubau sebagai Pastor dalam Ibadah Anak memiliki pertemuan rutin setiap hari Sabtu bersama dengan kakak- kakak Pembina untuk pujian dan penyembahan serta berdoa dan mempersiapkan Firman Tuhan yang akan dibagikan hari Minggu kepada anak-anak, anak-anak GDS dilatih untuk sungguh-sungguh dalam Ibadah bahkan ketaatan dan kesungguhan anak-anak GDS dalam beribadah telah menjadi kesaksian yang luar biasa bagi jemaat dewasa yang menyaksiakan atau mendengar langsung kesaksian anak-anak tersebut. Dalam Ibadah setiap Minggu pagi atau Siang anak anak melakukan pujian dan penyembahan di awal Ibadah, kemudian ada permainan dan dilanjutkan pembagian kelas-kelas sesuai dengan usia masing- masing untuk mendengarkan Firman Tuhan, adapun pembagian kelas tersebut sbb:
Kelas Nursery : 0 bulan – 3 tahun
Kelas Kecil : 3 – 6 tahun
Kelas Tengah : 6 – 9 tahun
Kelas Besar : 9 – 12 tahun
Ibadah Anak GDS memiliki Komsel Anak dibeberapa wilayah yang ibadahnya diadakan mulai dari hari Selasa sampai dengan hari Jumat yang dipimpin oleh kakak pembina Komsel Anak masing-masing dengan tujuan menjangkau jiwa-jiwa baru dan mengajarkan anak-anak Firman Tuhan yang berdampak untuk kehidupan rohani mereka dan terus bertumbuh dan memiliki karakter Kristus sehingga anak-anak tersebut menjadi kesaksian terhadap orangtua mereka, guru di sekolah atau orang lain yang melihat karakter Kristus dalam kehidupan anak-anak GDS.
Ibadah Anak GDS – Jakarta melaksanakan dua kali Ibadah setiap hari Minggu, yaitu jam 09:00 Pagi untuk Ibadah Anak GDS ke-1 & Jam 13:00 Siang untuk Ibadah Anak GDS ke-2.