Pelayanan Diakonia GDS – Jakarta adalah pelayanan bantuan berdasarkan kasih yang berakar pada ajaran Kristus kepada jemaat GDS. Pelayanan diakonia GDS selama ini telah membantu kebutuhan jemaat yang membutuhkan seperti bantuan beasiswa untuk anak-anak berprestasi yang kurang mampu, bantuan kedukaan atau kematian, bantuan pengobatan jemaat yang sedang sakit, bantuan uang transport ke gereja kepada jemaat yang kurang mampu, bantuan sembako dan juga bantuan pakaian layak pakai.
Melalui pelayanan diakonia, GDS berupaya mewujudkan kasih Kristus di tengah-tengah kebutuhan jemaat di masa-masa yang sulit sehingga kesejahteraan jemaat bisa diperhatikan.